男性は排尿時の痛みや尿の色と粘度に症状が出るので問診のみでも診断がつくケースがあります。正確には尿中もしくは分泌物中の白血球の存在と染色により白血球 中の細菌を確認することによって診断されます。
女性では膣分泌物中に細菌が発見された淋菌が発見された場合に淋病と診断されます。
その他のpolymerase chain reaction(PCR)法、DNAプローブ法、培養検査法などの検査による診断方法があります。
口腔内に感染した淋菌を検査する方法で適切じゃものは現在のところありません。食事、飲水や唾液等によってほとんどの細菌が洗い流されていることと、口腔内は菌が多いため淋菌のみを的確に検出することは難しいです。